1、鸭瘟自然感染的潜伏期一般为2～4天，病初体温急剧升高达43～44℃。病鸭表现精神沉郁，头颈缩起，离群独处，食欲减退或废绝，喜饮水，羽毛松乱，两翅下垂，两脚发软，走动困难，若强行驱赶则见两翅拍地而走，走几步就倒地不起，此时病鸭不愿下水，若强迫其下水，则漂浮水面并挣扎回岸。
2、病鸭眼周围湿润、流泪，眼睑肿胀，有的流出粘性或脓性分泌物使眼睑粘连不能张开，有的眼睑外翻，结膜充血、出血或形成小溃疡。鼻孔流出浆液性或粘液性分泌物，呼吸困难，叫声嘶哑无力。部分病鸭头颈部肿胀，俗称“大头瘟”。病鸭下痢，排出绿色或灰白色稀粪，肛门周围的羽毛被污染并结块。泄殖腔粘膜充血、出血、水肿，严重者粘膜外翻，粘膜面有黄绿色的假膜且不易剥离。
3、病后期，体温下降，体质衰竭，不久即死亡。急性病例，病程一般为2～5天，亚急性约6～10天，病死率达90％以上，个别不死的病例转为慢性，呈现消瘦、生长发育不良。产蛋鸭群的产蛋量减少，一般减产30％左右，随着死亡率的增高，可减产60％以上，甚至停产。